A seguito di animati dibattiti in città nei primi  del Novecento, il Museo archeologico comunale di Crotone venne istituito con delibera del Consiglio comunale n. 37 del 15 aprile 1910. Posto sotto l’alta vigilanza della allora Regia Sovraintendenza, in esso confluirono consistenti collezioni di materiale archeologico raccolte nel secolo precedente da privati (famiglie Albani, Lucifero, Sculco  di Crotone e Sabatini di Cirò). Le collezioni in un primo momento vennero depositate, temporaneamente, in una scuderia, mentre dal 1933, in seguito ad accordi tra R. Soprintendenza e Comune, furono esposte nelle tre sale della caserma di Sottocampana, di proprietà dello Stato  all’interno del castello di Carlo V. Solo allora si provvide a formalizzare le donazioni, tanto che le varie difficoltà incontrate nell’istituire il museo – non ultime quelle relative al recupero di una sede stabile – avevano indotto il barone Giovanni Barracco, deputato del Regio Parlamento italiano per il collegio di Crotone sin dai primi anni dell’unità d’Italia, a donare nel 1905 al comune di Roma, contrariamente alle sue intenzioni iniziali, la sua famosa e stimata raccolta di sculture  antiche, oggi  ospitata nel palazzo romano de “la Farnesina ai Baullari” e comprendente  marmi da lui acquistati sul mercato antiquario europeo (in prevalenza quello romano). Molta parte degli oggetti del Museo civico provenivano comunque da sporadici rinvenimenti in terreni agricoli di proprietà dei collezionisti o da recuperi nel corso di lavori effettuati in città: costruzione della ferroviaria (1879), realizzazione della ferrovia calabro-lucana (1918-19), costruzione della Banca d’Italia (1930-31). Ma un cospicuo nucleo pervenne anche da regolari campagne di  scavo che l’illustre archeologo Paolo Orsi effettuò nel  territorio di Crotone (Capo Colonna nel 1910, Punta Alice nel 1924), materiale ceduto dallo scavatore “perché Crotone avesse una rappresentanza di quanto si trovava” (archivio della Soprintendenza archeologica della Calabria: lettera di Paolo Orsi ad Armando Lucifero, 12 febbraio  1911). Figura centrale per  la storia della ricerca archeologica  calabrese di quegli anni, primo soprintendente archeologo in regione,, Orsi ebbe nell’ispettore      onorario, marchese Armando Lucifero, il suo principale referente su Crotone.  Durante l’ultimo conflitto mondiale, sgomberati i  locali della caserma per  dar posto alla milizia  antiaerea, il  materiale del Museo civico venne,  parte in casa Lucifero, parte nel Liceo classico, da dove passò successivamente nella chiesa di S. Chiara, e pare che, in quell’occasione, alcuni oggetti siano stati trafugati. Dopo la fine della guerra, nonostante il ritorno nella sede primitiva, non fu più possibile vedere esposto il materiale del Civico fino all’inaugurazione del Museo archeologico statale, edificato per  l’occasione sulla collina del centro storico (attuale sede), al quale detto materiale venne consegnato il 6 maggio 1967.L' attuale allestimento del Museo Archeologico intende essere soprattutto didattico, ricco di piante e foto di tutti i siti archeologici, in  parte ben noti  ai crotonesi, in un positivo rapporto tra città e Museo, che ognuno riconosca la sua casa, il suo quartiere, i monumenti antichi presso cui vive, illustrati  nel modo più semplice e diretto. La prima novità, a parte l’aspetto rinnovato della facciata, la si incontra nell’elegante punto di accoglienza per il pubblico, nel bookshop affidato, in ossequio alla legge Ronchey sui servizi aggiuntivi, alla società  Novamusa. Il visitatore incontra al piano terra, i reperti più noti, come la stele in marmo delle isole greche dalla necropoli  dell’antica Kroton,

, dove l’ignota fanciulla in pesante peplo sembra salutare, immortalata nel marmo, lo sconosciuto personaggio ammantato. Al piano superiore rifulge il famoso diadema della Dea del Lacinio, frutto dei più recenti scavi della Soprintendenza a Capo Colonna, e con il complesso degli splendidi doni votivi. Molti di questi splendidi oggetti sono stati, come è noto, durante il periodo di chiusura del museo per restauri, ammirati anche a Roma, al Museo Barracco, ad Atene, infine a Londra.

La parte espositiva risulta costituita da due sezioni principali, concepite secondo un criterio essenzialmente topografico: al piano terra la città, al primo piano il territorio. Al piano terra un accurato apparato documentario illustra la storia della città dalla preistoria al medioevo, con approfondimenti sui principali fatti (fondazione, atletismo, scuola filosofica di Pitagora) e personaggi (Pitagora, Milone, Democede, Alcmeone) che resero famosa Kroton, fondata dall'acheo Myskellos, quale centro di particolare spicco nella storia della cultura della magna Grecia. Una grande pianta della città moderna indica i cantieri in cui la Soprintendenza archeologica della Calabria ha effettuato gli interventi che consentono oggi di ricostruire la maglia urbana antica. In corrispondenza di questa pianta, due grandi vetrine presentano i materiali più significativi, provenienti da quegli scavi. Di particolare importanza i dati emersi dallo scavo dell'area dell'antico Kerameikpos (quartiere ceramico) dove venivano realizzate le produzioni artigianali della polis: ceramica a rilievo, coroplastica, ceramica comune, vernice nera, terrecotte architettoniche. Altre vetrine esporranno inoltre  i  corredi tombali più  cospicui  della Carrara, una  delle principali necropoli della città greca (ceramica  attica a figure nere e rosse), nonché materiali già appartenenti a vecchie collezioni raccolte nell'Ottocento da nobili del luogo. Al primo piano, alle vetrine con materiali di oggetti provenienti da varie località del Marchesato (Cotronei, Strongoli, Zinga, Le Castella), si affiancano quelle relative ai principali santuari greci individuati a Crotone (Vigna Nuova) o nel suo territorio (S.Anna, Capo Alice,  Capo Colonna. In  corrispondenza trovano spazio anche le principali manifestazioni della cultura architettonica crotoniate (edifici del santuario di Hera Lacinia a Capo Colonna, tempio di Apollo a Cirò, tetto del sacello di S.Anna). Il  percorso museale culmina nella sala dedicata al Tesoro di Hera, una serie di oggetti metallici in bronzo, argento e oro (si  segnala in particolare il ricco diadema in oro) rinvenuti nell'edificio di culto più antico sinora rintracciato nel Santuario  di Capo Colonna (nel quale era probabilmente custodita l'immagine della divinità) i quali hanno costituito il nucleo principale di una mostra itinerante (Roma, Sassari, Londra, Atene) realizzata in occasione delle manifestazioni legate all'anno dei Greci in Occidente.